Francis,
No soy Armando, pero espero poder aclarar tus dudas.
Primero que nada, lo que siempre les he comentado a mis amigos, el tema SQL no es algo que tenga que ver con código solamente, sino también de mentalidad, y ahí reside realmente el exito.
Mysql es un motor de base de datos (yo los llamo contenedores), mysql los administra totalmente, cuando tu lo instalas, estos se crean en una carpeta (generalmente, mysql 5.x) y ahi se instala todo lo que tenga que ver con el motor, ahí se instala una carpeta DATA que es en donde se encuentran los contenedores, en cada contenedor se encuentran las tablas y obviamente en cada tabla, los campos (llamados columnas).
Existen varios tipos de contenedores: myIsam; estos crean una carpeta con el nombre del contenedor y archivos que se refieren a cada tabla, otro tipo es el innoDB, este formato solo tiene dos archivos donde se concentran todos los contenedores y sus respectivas tablas (en lo particular me han funcionado sin problemas en una aplicación que lleva dos años en producción ininterrumpidos).
Nota: Creo que lo primero es leer un buen manual para entender los principios básicos del lenguaje SQL.