Raymundo Islas M,
Si usas tablas tipo innodb, a como lo estas haciendo es lo correcto, pues las tablas innodb concentran todo en unos archivos (creo que 2-3) pero si usas myisam, con respaldar la carpeta de la base de datos correspondiente (llámese contenedor) estarías trasladando tus datos como si de DBF se trataran.
Y para el caso del modelo "Embebido" y precisamente esa es una de las funciones, la de enviar "todo" incluído en tu aplicación. Llámese tablas con datos precargados.
Estoy leyendo mas el tema del embebido, pronto tendremos repuestas mas palpables.
sigo al pendiente
Saludos
méxico.sureste