Muy buenas, me podría decir alguien el grupo de funciones para el tratamiento de ficheros pero que no sean las antiguas de clipper(COPY FILE,DELETE,ETC..)

Un Saludo.

Esos comandos son traducidos a llamadas a funciones que implementa Harbour.

Porque no quieres usar esas funciones ? Revisa el fichero std.ch de Clipper y verás como los comandos son traducidos en funciones:

command COPY FILE <(src)> TO <(dest)> => __CopyFile( <(src)>, <(dest)> )