Lo más cómodo sería que tu instalases un CENTOS Linux (a ser posible la misma versión que usen en el servidor) en un VirtualBox ó similar, y que construyas en él Harbour y tus aplicaciones CGI con FiveWeb. Es un proceso muy sencillo:
svn checkout https://harbour-project.svn.sourceforge.net/svnroot/harbour-project/trunk/harbour
cd harbour
make
De todas formas, eso es evitable si resulta que Centos es compatible con Ubuntu. Nosotros solemos desarrollar en Ubuntu, pero Harbour y FiveWeb funcionan correctamente con cualquier distribución de Linux.
Para saber que error se produce, lo más sencillo es ejecutar el CGI desde un terminal SSH. En el propio terminal debe aparecer que falta para que el ejecutable funcione. Normalmente es un paquete de Linux que tiene que estar instalado. Aqui tienes los paquetes que se precisan para Ubuntu:
viewtopic.php?f=11&t=4764&start=0
El paquete de ODBC no es imprescindible.